Το Μαυροτράγανο θεωρείται μια από τις καλύτερες ερυθρές ελληνικές ποικιλίες. Παράγει υψηλόβαθμους οίνους, μέτριας οξύτητας και με βαθύ ερυθρό χρώμα. Στον ουρανίσκο είναι συνήθως πληθωρικό, με έντονες τανίνες, αρώματα κόκκινων ώριμων φρούτων και μπαχαρικών. Παραδοσιακά χρησιμοποιούνταν στη Σαντορίνη για να εμπλουτίσει το άρωμα και τη γεύση του τοπικού παραδοσιακού ερυθρού γλυκού οίνου, μέχρι που ανακάλυψαν τις πραγματικές του δυνατότητες και δειλά δειλά άρχισαν οι πρώτες μονοποικιλιακές εμφιαλώσεις.

Το κρασί παράγεται σε περιορισμένο αριθμό φιαλών, συνδυάζεται υπέροχα με κίτρινα παλαιωμένα τυριά, μεσογειακά πιάτα με κόκκινες σάλτσες και οπωσδήποτε με κόκκινα κρέατα μαγειρευτά ή ψητά στη σχάρα.